В 1932 году, вскоре после создания Башкирского государственного медицинского университета, была образована кафедра марксистко-ленинской философии. Ее первоначальным назначением была учебная, научная и воспитательная работа среди студентов, сосредоточенная вокруг изучения марксистско-ленинской философии, которая была официальным мировоззрением того времени. Несмотря на идеологическую сверхзадачу, лекции и семинары по философии были порой единственным способом приобщения студентов-медиков к гуманитарным и социально-экономическим знаниям.
С 1983 года кафедрой заведовал доктор философских наук, профессор Д.М. Азаматов. В 1992 году кафедры объединили в одну кафедру – кафедру философии с курсом истории и основ экономики.
Активный профессиональный рост и творческие искания преподавателей кафедры совпали с годами социально-политических изменений во всей стране. Во второй половине 80-х - начале 90-х годов XX столетия, кафедра радикально модернизирует читаемые курсы.
Одной из первых кафедра ввела элективные курсы. Кафедра философии Башкирского государственного медицинского университета – известный в Республике Башкортостан центр подготовки философских кадров. На кафедре работает аспирантура по специальности "социальная философия".
С нового учебного года 2018-2019 заведующей кафедрой назначена Иванова О.М., профессор, д.филос.н.
Заведующий кафедрой: д.филос.н., профессор Иванова О.М.
Завуч кафедры: к.и.н., доцент Панова Л.А.
Кафедра располагается по адресу: г. Уфа, ул. З. Валиди, д. 47, БГМУ, корпус № 2.